1、在打开的Alignment Explorer窗口中选择”Alignment”“Align by -ClustalW” 进行多序列比对(MEGA提供了ClustalW和Muscle两种多序列比对方法,这里选择熟悉的ClustalW),弹出窗口询问“Nothing selected for alignment,Select all?”选择“OK”。
2、(4)加入50ul 5mol/:24,再加入50ul CTAB/,最后将比对得到的所有序列运用MEGA6建立系统发育树。
3、当查询到一系列需要比对的序列后,先用ClustalX软件进行序列校正,生成.aln文件。然后在MEGA软件功能下将.aln文件转换为.meg文件。即可对该文件进行系统树构建等操作了。
4、给你推荐一些软件,一个是clustalx,一个是MEGA,这两个软件都可以进行蛋白多序列比对,而后者我认为更强大些,还可以进行进化树分析。把你所有从NCBI上找到的CDS导入到软件中(一般做同源分析都是用蛋白质序列)。
1、其中最常用的方法是使用序列文件(例如FASTA格式),其中包含每个序列的名称和序列数据。Mega7可以解析这些信息,并根据它们构建进化树。一旦进化树被创建,可以通过添加分支长度或其他注释来表示数字。
2、 s:// 由于是二进制文件,直接解压缩,添加到环境变量就可以用了。具体请看我这篇文章。
3、碱基/氨基酸只有 0 和 1 的状态)时,对序列进行分析的软件。打开进化树点击最上面的一排中的View——选择option——选择Branch会看到下面的选项。勾选Hide values lower than 然后将百分比调整到50再点击OK就可以了。
4、多出了几个功能菜单:选择主界面中的Phylogeny菜单,Bootstrap Test of Phylogeny — Neighbor-joining…Bootstrap选择1000次重复,模型选择核酸—p-distance。
5、将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件,注意:所有序列的方向都要保持一致 ( 5’-3’)。
6、在NCBI上搜索所需的目的序列。以Metallothionein(MT)为例,将所需目的序列复制到Word上。下一步用MEGA7构建进化树。
可以百度搜索一款软件,下载安装即可。在安装和操作之后,注册已登录并选择U.S.节点连接。(新用户开始是免费的)此时,可以打开Googledrive和其他与Google相关的服务。
google drive无法连接网络是由于在国内被屏蔽,国内用户无法连接到服务器导致的,所以下载速度很慢甚至是0,但是目前可以通过代理,或者直接用坚果云替代googledrive。
可以到百度搜索一款代/理/工/具,下载安装即可。安装运行后,注册登陆选择美国节点连接。(新用户开始都是免费使用的)这个时候你就可以打开Google Drive以及谷歌其他相关服务了。