测序软件培训 测序软件有哪些
阅读目录
- 1、基础——illumina测序原理与细节(以RNA-seq为例)
- 2、第二代DNA测序技术的操作流程
- 3、测序基因图软件请教
- 4、【生信知识】---Nanopore测序分析软件nanopolish
- 5、三代测序入门
基础——illumina测序原理与细节(以RNA-seq为例)
首先，RNA-seq是目前我们触手可及、应用最广的基因表达量检测技术；其次，相较之于链非特异性测序，链特异性测序对大多数人来说更复杂，更难以理解。
测序周期以人类基因组重测序为例，30x测序深度大约为1周。
待测序的DNA片段通过氢键力与第一种oligo配对从而固定在flowcell上。
第二代DNA测序技术的操作流程
流程：①末端修饰：使用Taq聚合酶补齐不平的末端；并在两个末端添加突出的碱基A，从而产生粘性末端（若使用Taq酶扩增，则无需末端修饰）；产生粘性末端的片段可以添加接头（Adaptor）。
下面简单介绍一下NIPT检测技术实验流程：NIPT检测样本的采集、NIPT检测样本的接收和保存、NIPT检测样本DNA的提取和纯化、构建文库和纯化、制备Pooling文库和上机、测序、数据分析和处理、出具检测报告。
第二代测序法是以待测序列为模板，按照碱基互补配对原则进行合成，每新加一个碱基就进行一次扫描，读出这个碱基，最终获得完整的DNA序列。
当然，现代的第二代DNA测序技术已经普及了，它们相比第一代测序技术而言，具有低成本，高通量，短耗时等优点。如果用第二代DNA测序技术去完成人类基因组测序的话，现在最多也就耗时一个月左右。
原始碱基数据的准确度大于994%，而在15X覆盖率时的准确度可以达到9999%，是目前第二代测序技术中准确度最高的。
(1) 将混合物离心，将扩增产物转移到5ml ep管中。(2) 加入25μl醋酸钠/乙醇混合液，充分振荡，置冰上10min以沉淀dna。12 000r/min于4℃离心30 min，小心弃上清。(3) 加70%(v/v)的乙醇50μl洗涤沉淀2次。
测序基因图软件请教
我用DNAMAN给你演示一下吧 首先依次点击file-open special-AB1/SCF trace 打开扩展名为.ab1的测序图谱，查看没有问题。
测序得到基因序列后一般都需要进行序列比对，看和目的序列的差异情况，常用的软件有DNAman，还有invitrogen的vectorVI也不错。此外还可以直接在网上进行比对，推荐NCBI网站的BLAST可以直接网上进行。
CondonCode Aligner最好用，可以免费试用一个月。
你去ncbi吧，上面可以进行DNA序列的分析，我们一般分析启动子上又什么元件啊之类的都在上面，不过你可能需要让他人教一下才会用的。
我用DNAMAN给你演示一下吧首先依次点击file-openspecial-AB1/SCFtrace打开扩展名为.ab1的测序图谱，查看没有问题。一般可以用Chromas或Bioedit打开。
【生信知识】---Nanopore测序分析软件nanopolish
1、前言： nanopolish是开源的综合性分析软件，集成了非常多的三代测序数据分析小工具。
2、Nanopore自己研发了nanopolish-polya可以用nanopore自己的数据来计算polyA的长度。这个分析已经证明了那些保留内含子的转录本，会比完全剪切的转录本，含有更长的polyA尾巴。
3、de novo测序也称为从头测序：其不需要任何现有的序列资料就可以对某个物种进行测序，利用生物信息学分析手段对序列进行拼接，组装，从而获得该物种的基因组图谱。
三代测序入门
问题一：第三代测序技术的第三代测序技术原理 第三代测序技术原理主要分为两大技术阵营：第一大阵营是单分子荧光测序，代表性的技术为美国螺旋生物(Helicos)的SMS技术和美国太平洋生物(Pacific Bioscience)的SMRT技术。
现在的第三代测序技术中，主要以PacBio公司的SMRT和Oxford的Nanopore技术为主。与前面的两代技术比较，第三代最主要的特点在于单分子测序，就是测序的过程无需进行PCR扩增了。
虽然 Nanopore 测序仪种类很多，但都是基于Nanopore芯片来搭建的平台，大到由多个芯片阵列组成的PromehION，GridION系列测序仪，小到可以连接手机的Type C，电脑USB的MnION系列便携式测序仪。